O PCMSO considera as questões incidentes sobre o indivíduo e a coletividade de trabalhadores, privilegiando o instrumental clínico-epidemiológico na abordagem da relação entre a sua saúde e o trabalho. O Programa tem caráter de prevenção, rastreamento e diagnóstico precoce dos agravamentos à saúde relacionados ao trabalho, inclusive de natureza subclínica, além da constatação do caso de doenças profissionais ou danos irreversíveis à saúde dos trabalhadores.

O PCMSO deverá ser planejado e implantando com base nos riscos à saúde dos trabalhadores, especialmente os identificados nas avaliações previstas na NR-09 e demais NRs. A lei específica que é de responsabilidade do empregador estabelecer, implementar e assegurar o cumprimento do PCMSO, como atividade permanente da empresa ou instituição. Por outro lado obriga também os trabalhadores a colaborarem na implantação e execução do programa, podendo apresentar proposta ao mesmo. O PCMSO é uma atividade permanente e contínua, devendo o seu planejamento, documento-base e relatório serem renovados anualmente.